涉及民办教育机构的纠纷主要有五类：

一是学费退还纠纷。民办培训公司与具有资质的实际办学单位签订培训合同，通过“层层转包”赚取差价，对学生作出超出实际办学资质的虚假承诺的情况比较普遍，在无法兑现时产生退学纠纷。

二是合伙协议纠纷。部分民办教育机构的创办人或主要投资人在办学过程中吸收社会投资入股，以扩大办学规模或缓解资金压力，因不符合变更举办人的法定程序而引发合伙协议纠纷。

三是工程款等合同纠纷。民办教育机构的创办人取得前期审批文件后，以办学需要为由与人签约房屋租赁、设备采购、装修改建等合同。后因办学行政审批中出现问题而无法最终取得办学许可资格，致使产生工程款、租金、货款等合同纠纷。

四是教师劳动争议纠纷。民办教育机构办学经费自筹，亏损自担，教师工资和福利原本就与公办学校存在差距，在没有稳定资金来源的情况下，因企业资金周转而拖欠教师和行政人员工资的情况又普遍存在。部分家教、网络教育、自考等培训机构，将招生绩效与负责招生教师的工资待遇挂钩，导致民办学校劳动争议多发。

五是学校担保和借贷纠纷。民办学校的举办人利用社会对学校稳定性的信赖，利用控制民办学校的职务便利，以学校作为其个人借款的保证人对外大量举债，引发借贷纠纷。